Struktur organisasi yang baik akan menjamin penyelenggaraan  tata pamong Program studi Pendidikan Dokter(PPD) dan Program Studi Profesi Dokter(PSPD) UMM.FK UMM dipimpin oleh Dr. dr. Meddy Setiawan, Sp.PD FINASIM selaku dekan sejak tahun 2018 dan melaksanakan tugasnya demi mencapai visi misi dengan didampingi Dr. dr. Ruby Riana Asparini, Sp.BP-RE (K) selaku wakil dekan 1, dr. Sri Adila Nurainiwati, Sp.KK. FINSDV selaku dekan 2 dan dr. Indra Setiawan, Sp.THT-KL selaku wakil dekan 3, serta dr. Irma Suswati, M.Kes sebagai Ketua Penjaminan Mutu Fakultas. 

Struktur Organisasi Fakultas Kedokteran-UMM

Pengelolaan dua prodi di FK UMM, yaitu Program studi Pendidikan Dokter(PPD) dan Program Studi Profesi Dokter(PSPD) UMM dilakukan di bawah kepemimpinan Dr. dr Fathiyah Safithri M.Kes(Kaprodi PPD) dan dr. Moch. Bahrudin, Sp.S (kaprodi PSPD) dibantu skretaris masing-masing.

Struktur Organisasi Prodi Pendidikan Dokter

Struktur Organisasi Prodi Profesi Dokter