Program unggulan yang dimiliki FK UMM adalah "Program Pelatihan Hiperkes dan Keselamatan Kerja Bagi Dokter Perusahaan" yang ditetapkan oleh Asosiasi Pendidikan Kedokteran dan Kesehatan Muhammadiyah No. 62/APKKM/XI/2020. Program unggulan ini merupakan bentuk implementasi dari visi dan misi FK UMM untuk menghasilkan lulusan yang profesional dan unggul dalam bidang kedokteran industri. Dengan adanya program unggulan FK UMM ini, maka dokter-dokter lulusan FK UMM sudah memiliki bekal dan siap untuk terjun sebagai dokter perusahaan.